De parochie St. Jan de Doper te Uithoorn bestaat al sinds 1782. Tot die tijd kerkten Uithoornse katholieken (in de 18e eeuw) in De Hoef door daar in de kerkschuur de mis bij te wonen.
 

14 augustus 1866 kwam het Koninklijk Besluit dat de kerk in Uithoorn gebouwd mocht worden. In Uithoorn verrees een bouwwerk (architect H.J. van den Brink) dat alles wat tot dan toe in het dorp was gebouwd in de schaduw stelde.  In de jaren die volgden had het kerkvolk spoedig
f 37.000,-- bijeengebracht. In april 1867 was de fundering gereed en kon de eerste steen gelegd worden. Na ruim een jaar bouwen stond de kerk; driebeukig was zij geworden. In februari 1868 vond de aanbesteding van de banken plaats.
Nadat op 17 juli de Gebroeders Adama het oude orgel (van 1824) overgebracht hadden, was de kerk zo goed als gereed.  De torens van de kerk werden pas later gebouwd. Pastoor Van den Bosch kon dankzij een geweldige schenking in 1884 opdracht verstrekken de torens te bouwen, gevolgd door de opdracht klokken te laten plaatsen, eveneens dankzij een gift. Daarna vonden nog een aantal aanpassingen plaats. In 1897 werd het oude orgel vervangen door een nieuwe van de Gebroeders Maarschalkerweerd, waarvan er slechts twee (in originele staat) in Nederland zijn!

In de jaren twintig bouwde men een nieuwe pastorie ter vervanging van de oude pastorie van het einde van de 18e eeuw. In 1959 werd de kerk te klein voor het grote aantal kerkgangers en verstrekte het bestuur de opdracht het priesterkoor te vernieuwen. In 1961 werd daarom het oude priesterkoor met abcis en glas-in-loodramen gesloopt en vervangen door een ruim en eenvoudig koor en een zijkapel. Tegelijkertijd werden de kruiswegstaties en klokken vervangen, mede dankzij een groot aantal giften, en werd het portaal vernieuwd. Vele jaren later, in 1995, kwam er een nieuw parochiehuis (parochiecentrum) gereed ter vervanging van het een paar jaar eerder gesloopte parochiehuis dat naast de kosterswoning stond. In dit nieuwe parochiehuis werd een groot deel van de zijkapel opgenomen, daar deze vrijwel geen dienst meer deed. Zo is de huidige situatie.

Uit: "200 jaar Parochie St. Jan Uithoorn, 1782-1982", drs. P.J.J.M. van Wees.